A continuación veremos los archivos que usa el eMule.

Durante el tiempo de ejecución de eMule algunos archivos son usados o creados desde el primer inicio. la mayoría de ellos son creados en el directorio config de eMule, otros residen en el directorio temporal como se especifica en las preferencias o directamente en el directorio de instalación de eMule

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 Known.met
El  Known.met guarda todos los archivos que eMule conoce ya sea si son archivos compartidos o están en la lista de descarga. Toda la información de un archivo es guardada como tamaño, ruta hacia el archivo, preferencias de hash, valores de hash y algunas estadísticas.
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 Clients.met
Este archivo guarda información de todos los usuarios que tengan creditos con tu emule.
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 Server.met
Contiene todos los servidores conocidos.
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 Emfriends.met
Si un usuario es agregado a la lista de amigos , será puesto en este archivo.
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 Preferences.ini
Guarda todas las opciones configuradas en el diálogo de preferencias y la in formación sobre detalles visuales como tamaño, columna, etc
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 Fileinfo.ini
Comentarios o puntuación para tus propios archivos compartidos.
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 Onlinesig.dat
El Online Signature es un pequeño archivo el cual contiene la información sobre el servidor al que emule está conectado y las estadísticas de subidas y descargas. Puede ser usado por scripts de IRC o imagenes de firma.
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 Preferences.dat
Guarda el user hash. Este es un valor calculado al primer inicio de eMule y es usado para identificar este cliente en la red. Usado para el sistema de créditos y los amigos.
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 Adresses.dat
eMule actualiza su lista de servidores al iniciar si se ponen en este archivo direccciones válidas a  server.mets. La pestaña  Preferencias ->servidor ofrece un botón para editar esta lista y la opción para actualizar al inicio. El archivo puede contener entradas múltiples (una en cada línea) pero solo es usada la primera dirección que dirija a un servidor válido.
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 eMule.tmpl
Los archivos *.tmpl son necesarios para ell llamado servidor web. Ellos definen el diseño y las opciones de las páginas mostradas.
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 xx.part
Los archivos part son descargas sin terminar. EMule puede descargar las de más de un usuario al mismo tiempo, así los  archivos *.part  siempre tienen el tamaño de una descarga terminada. las partes perdidas son simplemente llenadas con cero.
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 xx.part.met
Cada  archivo *.part tiene un correspondiente archivo *.part.met. para identificar una descarga en la red y verificar si tiene errores. Cada descarga se divide en partes de 9 MB aproximadamente. Para cada parte se le calcula un valor de hash. Después un nuevo valor de hash es creado del del grupo completo de los hash de aquellas partes. Toda esa información reunida con el nombre del archivo y el estado de los hashes son guardadas en los archivos  *.part.met.
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 xx.part.met.BAK
Una copia de seguridad de los archivos *.part.met es creada en caso de que se dañen o se corrompan por un reinicio inesperado o cierre de emule.