A continuación se explica cómo configurar el centro de notificaciones en iOS 6.

Para empezar nos vamos a Ajustes.

Entramos en notificaciones.

Dentro de notificaciones, en ordenar aplicaciones marcamos manualmente.

Ahora le damos a edición

Y ahora personalizamos el orden tocando las tres lineas paralelas al lado de cada app y subiéndolas o bajándolas a nuestro gusto.

Y listo, ahora las tienes ordenadas según tus preferencias.